林学院始建于1958年设立的林学系和林学本科专业。1958年，西北畜牧兽医学院（甘肃农业大学的前身）与筹建中的甘肃农学院合并成立甘肃农业大学。

1958年12月15日，召开甘肃农业大学成立大会。学校在畜牧、兽医两个系的基础上，增设了农学、林学和农业机械3个系，此时全校共5个系5个专业，并于同年开始招生。

1983年8月，胡耀邦总书记在视察甘肃工作时指示，种草种树，发展畜牧，把甘肃建成一流的林牧业基地。为加快林业人才培养，1984年10月13日，甘肃省人民政府向教育部呈报了《关于成立甘肃农业大学林学院的请示报告》（甘政发〔1984〕196号）。

1986年8月23日，甘肃省计划委员会、甘肃省教育厅向国家教委呈报了《关于成立甘肃农业大学林学院的请示报告》（甘教高字〔1986〕031号）。

1986年12月27日，甘肃省人民政府向省教育厅下发《关于成立甘肃农业大学林学院的批复》（甘政发〔1986〕222号）。批复指出，为加速培养我省林业高级专门人才，适应林业建设的需要，省人民政府同意成立“甘肃农业大学林学院”。

1987年5月22日，甘肃省计划委员会向省教育厅印发了《关于甘肃农业大学林学院设计任务书的批复》（甘计科〔1987〕156号）。

1987年6月23日，甘肃农业大学作出《关于成立甘肃农大林学院筹备小组的通知》（甘农大党发〔1987〕021号、甘农大发〔1987〕081号）。通知指出，1987年5月15日党委会议研究决定，由曲詠宁、张宝春、陈玉琪同志组成甘肃农大林学院筹备小组。曲詠宁同志任组长、张宝春同志任副组长。

1987年7月21日，林学院以甘肃农业大学文件向林业部呈报了《关于甘肃农业大学林学院筹建情况的汇报》（甘农大林学院〔1987〕01号）。这是林学院批复成立以来第一个向上级部门呈报的文件。

根据甘肃省人民政府第222号文件精神，甘肃农业大学林学院成立于1986年，学校批复成立时间为1987年12月，这是学校成立的第一个学院，早于1986年学校向甘肃省教育厅并省人民政府《关于在甘肃农业大学建立畜牧兽医学院的请示报告》，以及1991年11月10日成立的畜牧兽医学院和1992年9月9日成立的草业学院。