森林经理学是林学院最早的硕士学位授权点，于1985年获批，1986年开始招生，后因故停招。1990年10月，森林经理学作为全国第四批具有硕士学位授予权的学科专业，获批硕士学位授权点，于1991年开始招生，2013年更名为森林培育。期间至2005年，森林经理学具有在职人员申请学位授予权。

2000年12月，水土保持与荒漠化防治作为全国第八批具有硕士学位授予权的学科专业，获批硕士学位授权点，并于2001年开始招收硕士研究生。2006年2月，水土保持与荒漠化防治作为全国第十批具有博士学位授权点的学科，获批博士学位授予权，2007年开始招收博士研究生。该学科2024年积极申报国家一级学科博士学位授予权。

1999年，学校制定了各学科建设规划，将森林经理学等4个学科作为重点扶持的学科，使其具有明显的西部地域特色，并争取达到国内先进水平。同时，水土保持与荒漠化治理学科为积极支持的应用学科和交叉学科，使其成为甘肃农业技术创新的主要基地。并按照规划在条件较好的林学等一级学科，实施博士研究生教育和硕士研究生教育并重，每个一级学科建设1个达到博士学位授权条件的学科点。

2003年6月，林木遗传育种作为全国第九批具有硕士学位授予权的学科专业，获批硕士学位授权点，并于2004年开始招生。2011年获林学一级学科硕士学位授予权，2018年获林学一级学科博士学位授予权。目前，该学科点设有林木遗传育种、森林培育、森林经理、森林保护等二级学科。

为加强学位管理，1981年1月1日，开始实施《中华人民共和国学位条例》，1981年5月，国务院颁布《中华人民共和国学位条例实施办法》。1982年2月，学校根据《条例》成立了第一届校学位评定委员会。同年4月，校学位评定委员会会议决定，在畜牧、兽医、林学等7个系成立学位评定分委员会。

2000年12月，经国务院学位委员会批准，学校为首批农业推广硕士专业学位授权单位，至2005年，学校共有9个农业推广硕士专业学位授权单位，其中学院为林业领域。

2014年，学院获批林业专业硕士学位授权类别，设置了水土保持与荒漠化防治、林木遗传育种、森林培育与保护、园林植物与园林规划设计、森林游憩与自然保护区管理等6个研究方向。

2018年，学院获批风景园林专业硕士学位授权类别，主要有西部生态脆弱区城乡景观规划与设计、寒旱区园林植物种质资源创新与应用、景观保护与生态修复等研究方向。