林学院现有4个本科专业,这是办学过程中为更好服务于国家林业、水土保持、园林及风景园林事业逐步建立的。

林学专业：该专业设立于1958年甘肃农业大学建校之初，是除兽医、畜牧专业外，学校最早兴办的专业之一。1958年12月15日，召开甘肃农业大学成立大会，在畜牧、兽医两个系的基础上，增设了农学、林学和农业机械3个系，此时学校共设5个系5个专业，并于同年开始招生。1962年，林学专业停止招生。1971年10月，学校将园艺、林学两系合并为林果系，当年开始在林果系招收第一届“工农兵大学生”。1977年，全国恢复招生统考制度，学校开始以林学专业招生，学制恢复为4年。1979年，学校决定将林果系正式恢复为林学系和园艺系，同年开始招生。2019年林学专业获批教育部首批认定的国家级一流本科专业建设点。

1975年、1976年，林果系受省林业厅委托，举办2期林果干部短训班，分别招收50人、40人，学制2年，大专学历。1983年，为了大力发展林业生产，在省委组织部的协调领导下，经甘肃省教育厅批准，学校在3个专业设置干部专修科，修业年限2年，其中林学干部专修科在林学系招生。当年经全国成人高考录取学员29名，1985年录取30名，1988年录取19名，毕业后仍回原单位工作，他们成为甘肃林业科技的骨干力量。1986年至2004年，林学专业招收专科班。1994年，受省林业厅委托，开始了林学和水土保持成人教育专业。

在专业发展的同时，教学组织也在不断调整和加强。1990年，全校共设有教研组（室）95个，其中林学系8个；1995年，全校共设教研组（室）65个，其中林学系5个。2004年，学院设有林学综合实验室。

水土保持与荒漠化防治专业：针对西部特别是甘肃省部分地区土地荒漠化日趋严重的情况，为改善生态环境的需要，学校设立了水土保持与荒漠化防治专业，该专业是在林学专业《水土保持学》课程的基础上，创建于1986年，同年招收水土保持专业专科生，1991年开始招收本科生。

20世纪90年代初，为适应社会主义市场经济对人才的需求，学校加大了专业建设和改造的力度。1996年，学校对现有本、专科专业进行了整理，整理后全校设本科专业24个，其中学院有林学和水土保持两个专业。1998年，学校根据教育部《关于做好普通高等学校现有本专科专业整理工作的通知》精神，对本、专科专业再次进行了整理。整理后学校有本科专业23个、专科专业51个，其中学院的本科专业为林学和水土保持与荒漠化防治，也即水土保持专业更名为水土保持与荒漠化防治专业，该专业为学校的优势与特色专业。2020年，水土保持与荒漠化防治专业获批国家级一流本科专业建设点。期间，1996年10月，学校在学院设有沙漠治理本科专业，招生56名。

园林专业：1999年，学校坚持“科学、规范、拓宽”的专业发展方针，将重点放在优化专业结构、改造传统专业、保护优势专业、发展应用专业、兴建新兴专业、形成特色专业上，有重点、有计划地增设甘肃经济社会发展所急需的专业，尤其是近农非农专业，据此学校在学院新增园林本科专业。2022年，园林专业获批甘肃农业大学一流本科专业建设点。

风景园林专业：2015年，学校在学院设立风景园林本科专业。

学位授予及其它专业：从恢复高考招生制度后的第一届本科生开始，学校在8个专业首先开展学士学位授予工作。2001年，甘肃省学位委员会对已设置的本科专业进行了学士学位授权认定，学校25个专业具有学士学位授予权，其中学院有林学、水土保持与荒漠化防治、园林3个专业。目前4个本科专业均具有学士学位授予权。同时，学校在甘肃林业职业技术学院建有园林工程学院，为学校二级学院，设有林学、水保、园林3个专升本专业，学院教师进行论文指导等。