甘肃农业大学林学院与甘肃省林业技术推广总站、甘肃省农科院果树花卉所合作共建甘肃省牡丹工程研究中心，于2016年经甘肃省发展和改革委员会批准建设， “中心”凭借其在牡丹研究开发方面的综合实力，发挥“创新、集成、配套、扩散、辐射、服务、咨询”的功能，通过多种开放式合作方式，与国内有关研究开发机构合作，在共性技术、重点领域技术等方面进行广泛合作，持续开发高新技术成果。通过系统研究牡丹种质资源开发利用、自主知识产权新品种培育、标准化苗木生产、促成栽培技术、油用牡丹的综合开发利用等方面的问题，加强牡丹的种质创新及产业化技术的研究与开发，形成整体开发优势与先导功能，联合推动西北紫斑牡丹新品种的创新开发与品种的产业化，提高其在国内外市场上的竞争能力。“中心”牡丹种质资源圃及牡丹新品种培育建在甘肃省林业科学技术推广总站试验基地，紫斑牡丹苗木繁育园建在临夏州王坪村、榆中官滩沟、榆中三角城；牡丹籽油中试生产线建在北京上禾牡丹农业开发有限公司，牡丹新品种及油用牡丹标准化栽培示范和产业化生产基地分别建在临夏、榆中、临洮等地。